A Talajkémiai és Anyagforgalmi Osztály 2016-ban újonnan megalakult szervezeti egység, ami részben a volt Agrokémiai és Növénytáplálási valamint a Talajbiológiai és –biokémiai Osztály átalakulásával jött létre.
Az első Talajkémiai és trágyázási részleg 1949-ben alakult az intézet alapításával egy időben. Az akkori talajkémiai kutatásokat is felölelő részleg - mely elsősorban a szikkutatásra, a talajok kémiai tulajdonságainak feltérképezésére, szerves és műtrágyázási módszerek kidolgozására fókuszált - többszörös szervezeti átalakítás után vált Agrokémiai és Növénytáplálási Osztállyá, aminek a központi kutatási területe a harmonikus, hatékony, gazdaságos és környezetkímélő növényi tápanyagellátás volt, melyben helyet kaptak a műtrágyák mellett az egyéb szerves trágyaszerek felhasználásának vizsgálata, valamint a talajszennyezés problémaköre is.
A volt Talajbiológiai és –biokémiai Osztály működésének kezdete 1952-re tehető, amikor is létrejött a Magyar Tudományos Akadémia Talajbiológiai Kutató Laboratóriuma. A talajbiológiai kutatások kezdetben a szerves és szervetlen anyagok transzformációjával foglalkoztak, de az idő előrehaladtával egyre nagyobb teret kapott a talajt és a táplálékláncot érő szennyezések és a káros hatások kivédését szolgáló intézkedések és a hulladékok hasznosításának vizsgálata.
A rég- és közelmúltban külön osztályokon folyó, de tematikailag összetartozó tudományos témák összehangolása és hatékonyabb művelése érdekében vált a Talajkémiai és Anyagforgalmi Osztály a talajkémiai degradációval, a fenntartható növénytáplálással, a talajszennyezéssel és hulladékhasznosítással foglalkozó tudományos szervezeti egységgé.