Az osztály tudományos feladata a talaj-növény-mikroorganizmus rendszer biológiai tulajdonságainak mennyiségi és minőségi vizsgálata, térbeli és időbeli változásának nyomon követése természetes és agrár ökoszisztémákban.
A talajminőséget a talajok biológiai állapotával és degradációjával jellemzik, ehhez korszerű monitoring módszereket fejlesztettek. Az üvegházhatású gázok megnövekedett emissziója miatt kutatásokat folytatnak a talaj szén- és nitrogénforgalmi dinamikájáért felelős mikrobiológiai folyamatok részleteinek és a biológiai szabályozás lehetőségeinek feltárására. Kutatják a nitrogén és foszfor vegyületek mineralizációjában részt vevő talajenzimeknek az ökoszisztémák tápanyagforgalmában játszott szerepét.
A növények és mikroorganizmusok közötti kölcsönhatások alaposabb megismerése érdekében a gyökérkörnyezet talaj-mikroorganizmusai (növényi növekedést serkentő baktériumok, gombák) és a magasabb rendű növények közötti kölcsönösen előnyös együttélési formákat kutatják. Tanulmányozzák az arbuszkuláris mikorrhiza gombák szerepét a növények mikroelem felvételében, foszfor-ellátásában és stressz reakciójában.
A szennyezett talajok remediációjára és környezeti kockázatának csökkentésére, környezetkímélő kémiai immobilizációval (is) kombinált biológiai módszereket (bioremediáció) fejlesztenek a szennyezéshez alkalmazkodott növényekkel, különböző fitoremediációs technikák kidolgozásával és alkalmazásával elsősorban nehézfémekkel szennyezett talajokban.